Samuel Hahnemann war Chemiker und Arzt, und zutiefst enttäuscht von der Schulmedizin seiner Zeit. So gab er seine ärztliche Praxis vorübergehend auf und übersetzte eine ganze Reihe damaliger medizinischer Standardwerke ins Deutsche. Den konkreten Anstoß zur Entwicklung der Homöopathie gab der berühmte „Chinarindenversuch“: angeregt durch eine Passage eines Buches des berühmten schottischen Pharmakologen Cullen, in der behauptet wurde, dass Chinarinde Wechselfieber (Malaria) durch ihre „magenstärkende“ Wirkung heile, nahm er Chinarinde im Selbstversuch ein. Er entdeckte dabei, dass Chinarinde bei ihm Krankheitserscheinungen hervorrief, die den Symptomen des Wechselfiebers ähnlich waren – die erste Arzneimittelprüfung am Gesunden.

In der Folge verfeinerte er sein Verfahren, im Laufe seines Lebens prüfte er etwa 80 Substanzen, wobei er häufig Medikamente der damaligen Schulmedizin benutzte – Arsen (Arsenicum album), Quecksilber (Mercurius), Tollkirsche (Belladonna), Bilsenkraut (Hyoscyamus), aber auch ungiftige Substanzen, wie Bärlappsporen (Lycopodium) und Küchenschelle (Pulsatilla). Hahnemann experimentierte auch mit synthetischen Mitteln wie z.B. Causticum Hahnemanni, die Destillation einer Mischung aus gelöschtem Kalk und einer Lösung von Kaliumsulfat.

Die Symptome, die auftraten, wurden gesammelt und bildeten den Grundstock zur homöopathischen Materia medica. Nach vielen weiteren Versuchen und der klinischen Erprobung seines Verfahrens stellte er die These auf, dass man Arzneimittel nicht nach ihren Gegensätzen ("allopathisch") wählen muss, um Heilung zu erzielen, sondern nach ihrer Ähnlichkeit ("homöopathisch"):

„Wähle, um sanft, schnell, gewiss und dauerhaft zu heilen, in jedem Krankheitsfalle eine Arznei, welche ein ähnliches Leiden (griechisch: homoion pathos) für sich erregen kann, als sie heilen soll.“

(Samuel Hahnemann, Organon der Heilkunst, 6. Auflage, Einführung).